Od akademske godine 2013/2014 na Muzičkoj akademiji se pokreću integrirani sveučilišni preddiplomski i diplomski studiji (u trajanju od 5 godina)  nastava je organizirana na osam odsjeka kroz 9 studijskih programa (umjesto dosadašnjih 53);

1. KOMPOZICIJA –  Odsjek za kompoziciju i teoriju glazbe

2. TEORIJA GLAZBE – Odsjek za kompoziciju i teoriju glazbe

3. MUZIKOLOGIJA – Odsjek za muzikologiju

4. MUZIKOLOGIJA DVOPREDMETNO – Odsjek za muzikologiju

5. DIRIGIRANJE – Odsjek za dirigiranje, harfu i udaraljke

6. PJEVANJE – Odsjek za pjevanje

7. INSTRUMENTALNI STUDIJI – Odsjek za dirigiranje, harfu i udaraljke,  Odsjek za klavir, orgulje i čembalo,dsjek za gudačke instrumente i gitaru, Odsjek za duhačke instrumente, Odsjek za glazbenu pedagogiju i tambure

8. GLAZBENA PEDAGOGIJA – Odsjek za glazbenu pedagogiju i tambure

9. GLAZBENA PEDAGOGIJA DVOPREDMETNO – Odsjek za glazbenu pedagogiju i tambure