Od akademske godine 2013/2014 na Muzičkoj akademiji se pokreću integrirani sveučilišni preddiplomski i diplomski studiji (u trajanju od 5 godina) nastava je organizirana na osam odsjeka kroz 9 studijskih programa (umjesto dosadašnjih 53);
1. KOMPOZICIJA – Odsjek za kompoziciju i teoriju glazbe
2. TEORIJA GLAZBE – Odsjek za kompoziciju i teoriju glazbe
3. MUZIKOLOGIJA – Odsjek za muzikologiju
4. MUZIKOLOGIJA DVOPREDMETNO – Odsjek za muzikologiju
5. DIRIGIRANJE – Odsjek za dirigiranje, harfu i udaraljke
6. PJEVANJE – Odsjek za pjevanje
7. INSTRUMENTALNI STUDIJI – Odsjek za dirigiranje, harfu i udaraljke, Odsjek za klavir, čembalo i orgulje,dsjek za gudačke instrumente i gitaru, Odsjek za duhačke instrumente
8. GLAZBENA PEDAGOGIJA – Odsjek za glazbenu pedagogiju
9. GLAZBENA PEDAGOGIJA DVOPREDMETNO – Odsjek za glazbenu pedagogiju